Under de följande sex dagarna efter polisens tillslag, så pågick upproret. Under dessa dagar och de närmsta veckorna bildades två organisationer och ett flertal tidningar. Organisationen GLF – Gay Liberation Front bildades som motpol till de tidigare organisationernas assimileringsmål och ineffektiva metoder. GLF var uttalat konfrontativa och associerade sig till den breda utomparlamentariska rörelsen – bland grupper som fredsrörelsen och Svarta pantrarna med flera. Här var nu parollen riktad till HBTQ personer att komma ut från garderoben och ut på gatorna. GLF samarbetade brett och såg de sociala frågorna, fredsrörelsen och anti-rasismen som naturliga saker att ingå i den breda kampen. Detta ledde dock även 
att det över åren skedde flera splittringar från grupper som enbart ville fokusera på HBTQ.
Den andra organisationen som direkt föddes ur Stonewallupproret var GAA – Gay Activists Alliance. Då de blev frustrerade över GLFs ovilja att enbart fokusera på HBTQ-rättigheter, skapade de istället GAA. De ansåg GLF vara för breda i sina frågor. GAA valde andra taktiker. De hade fokus på enbart gay rättigheter. Mest kända är de för vad som kallades zapping. Det innebär att konfrontera makthavare under offentliga tillställningar, för att kräva att makthavarna erkänner HBTQ-rättigheter. En annan skiljelinje mellan dessa grupper var att GAA valde reformismens väg, medans GLF ansåg sig stå på revolutionär grund.